政府工作报告在大会审议中得到了代表的普遍赞同。代表们认为，报告主题鲜明、重点突出、内涵丰富、求真务实、鼓舞人心，对2008年的工作回顾准确全面、实事求是，对2009年的工作安排思路清晰，分析形势深入透彻，确定目标科学合理，部署工作具体明确，符合落实科学发展观和《珠江三角洲地区改革发展规划纲要》的要求，符合中央、省和市委的精神，符合深圳实际。代表们也提出了一些修改意见，集中在内容增补和文字推敲两方面。市政府高度重视，迅速进行了修改。

　　“山寨”一词在修改中被删除。开幕式上市长作的政府工作报告中说：规范引导“山寨”产品提升品牌，转型升级，走模仿开发创新的路径。“山寨”一出，立即在“两会”代表和委员中引发热议，有人赞成，有人反对。昨天的主席团会议上，有主席团成员表示不赞成删除“山寨”一句。市政协主席、市四届人大六次会议主席团成员王顺生提出个人意见，认为“山寨”产品是草根经济，是民营经济中存在的一种现象，这在深圳也存在。“山寨”产品有模仿才能入流，然后再创新，与其删除“山寨”，不如修改为规范引导民营企业对其产品进行品牌提升。

　　许勤对代表们在分组审议时所提建议、意见进行了答复。根据初步分类整理，这些建议意见主要有6类：一是关于坚持科学发展观，解放思想，积极应对金融危机的问题；二是关于民生问题；三是关于城市建设和管理的问题；四是关于环境保护问题；五是关于产业发展问题；六是关于政府的自身建设问题。

　　许勤表示，代表们的书面建议向市政府交办后，各部门将按规定认真办理，对代表在分组讨论会上提出的意见、建议，将作为改进和推动政府工作的一笔宝贵财富，予以高度重视，认真研究办理。

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　　报告中较重要的修改

　　1、“全年环境空气质量优良天数达到364天”，修改为“按国家标准测定的全年环境空气质量优良天数达到364天”。

　　2、“今年很可能是特区成立以来最困难的一年”，修改为“今年是我市进入新世纪以来经济形势最为困难的一年”。

　　3、在“全面加强与珠三角其他城市的合作”后，增加“推动建立深莞惠区域协调发展联动机制”一句。

　　4、删除“规范引导‘山寨’产品提升品牌，转型升级，走模仿开发创新的路径”一句。

　　5、在“大力发展各项社会事业，努力提高民生福利水平”后，增加“越是经济困难，越要高度重视民生，切实改善民生福利。”

　　6、在“深化文化体制改革”前，增加“努力培育城市文化，增强城市凝聚力，提升市民的家园意识，强化市民的责任感、光荣感、幸福感和归属感，共同维护城市荣誉。”

　　7、在“鼓励社会力量参与公益性文化建设”后，增加“加强公益性广告宣传”一句。

　　8、在“推出一系列反映时代精神、具有深圳特色的文艺精品”后，增加“加强文物保护，加大对客家围屋、南头古城等文物的保护开发。”

　　9、在“加强文化市场管理”前，增加“推进全市有线电视网络重组整合，加快实施特区外有线电视数字化改造”。

　　10、在“进一步健全多层次、多渠道的住房保障体系”后，增加“加快经济适用房建设”一句。

　　11、在“完善产业用地出让方式”后，增加“进一步完善征地拆迁补偿的评估机制和补偿标准”一句。

　　12、在“继续加大闲置土地和土地历史遗留问题的处理力度”后，增加“加大地下空间开发研究”一句。

　　13、在“争取全市机动车和车用燃油全面实施国Ⅳ标准”后，增加“积极推动电动汽车产业发展”一句。

　　14、在“努力转变机关工作作风”后，增加“下决心解决文山会海问题，力争做到全年会议、文件、评比表彰活动‘三减少’，腾出更多的时间和精力投入到保增长、保民生、保稳定。”

　　15、把“严肃查处滥用职权、贪污贿赂、腐化堕落、失职渎职的案件”，修改为“严肃查处滥用职权、贪污贿赂、腐化堕落、失职渎职和重大责任事故背后的案件。”

　　16、 把“进一步规范股份合作公司运作”，修改为“抓紧修订完善有关法规规章，进一步规范股份合作公司运作，逐步剥离社会职能”。